Nguyễn ánh lấy lại được Gia Định năm Mậu Thân (1788) tuy đã xưng vương mà chưa đặt niên hiệu riêng, vẫn dùng niên hiệu vua Lê. Tháng 5 năm Nhâm Tuất (1802) lấy lại được toàn bộ đất đai cũ của các chúa Nguyễn, Nguyễn Vương Phúc ánh cho lập đàn tế cáo trời đất, thiết triều tại Phú Xuân, đặt niên hiệu Gia Long năm thứ nhất. Lê Quang Định được cử làm Chánh sứ sang nhà Thanh xin phong vương và đổi tên nước là Nam Việt. Nhà Thanh cho rằng tên nước là Nam Việt sẽ lẫn với nước của Triệu Đà (gồm cả Đông Việt, Tây Việt) nên đổi là Việt Nam. Thế là năm Giáp Tý (1804) án sát Quảng Tây Tề Bồ Sâm được vua Thanh phái sang phong vương cho Gia Long và nước ta có tên là Việt Nam. Năm Bính Dần (1806), Gia Long chính thức làm lễ xưng đế ở điện Thái Hòa và từ đây qui định hàng tháng cứ ngày rằm và mồng một thì thiết đại triều, các ngày 5, 10, 20 và 25 thì thiết tiểu triều.

Là vua sáng nghiệp của triều Nguyễn, Gia Long phải quyết định rất nhiều việc đặt nền móng cho vương triều có một địa bàn thống trị rộng lớn từ Bắc chí Nam. Để tránh lộng quyền, ngay từ đầu nhà vua bãi bỏ chức vụ Tể tướng. ở triều đình chỉ đặt ra 6 bộ: Lại, Hộ, Lễ, Binh, Hình, Công do các Thượng thư đứng đầu và Tả hữu tham tri, Tả hữu thị lang giúp việc. ở trong cung cũng vậy, nhà vua không lập ngôi Hoàng hậu, chỉ có Hoàng phi và các cung tần.

Quản lý một đất nước thống nhất kéo dài từ Lạng Sơn đến Hà Tiên đối với Gia Long lúc đó là hoàn toàn mới mẻ. Gia Long cho tổ chức lại các đơn vị hành chính từ trung ương xuống. Cả nước chia làm 23 trấn, 4 doanh. Từ Ninh Bình trở ra gọi là Bắc thành gồm 11 trấn (5 nội trấn và 6 ngoại trấn); từ Bình Thuận trở vào gọi là Gia Định thành gồm 5 trấn; ở quãng giữa là các trấn độc lập: Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Nghĩa, Bình Định, Phú Yên, Bình Hòa, Bình Thuận; đất kinh kỳ đặt 4 doanh: Trực Lệ Quảng Đức doanh (tức Thừa Thiên), Quảng Trị doanh, Quảng Bình doanh và Quảng Nam doanh. Cai quản Bắc thành và Gia Định thành có Tổng trấn và Phó tổng trấn. Mỗi trấn có Lưu trấn hay Trấn thư, cai bạ và ký lục. Trấn chia ra phủ, huyện, châu có tri phủ, tri huyện, tri châu đứng đầu. Đây là lần đầu trên một lãnh thổ thống nhất, các tổ chức hành chính được sắp đặt chính quy như vậy.

Quản lý đinh khẩu, ruộng đất và thế khóa áp dụng theo mẫu hình thời Lê sơ nhưng được thực hiện trên quy mô lớn hơn, có quy củ hơn. Đáng chú ý là việc làm sổ ruộng (địa bạ) dưới thời Gia Long được tiến hành nhất loạt, có quy mô toàn quốc. Các làng xã phải lập sổ địa bạ ghi rõ từng loại ruộng đất, diện tích, vị trí, công, tư... chép thành 3 bản nộp lên bộ Hộ. Bộ đóng dấu kiềm, lưu 1 quyển, tỉnh giữ 1, xã giữ 1. Năm năm làm lại địa bạ một lần. Đến nay còn lưu giữ khá đủ toàn bộ địa ba Gia Long của các trấn, doanh cả nước. Trên cơ sở điều tra kê cứu địa chí các địa phương. Cả nước gồm 4 địa hình sông núi, cầu quán, chợ búa, phong tục, thổ sản... năm Bính Dần (1806), vua Gia Long sai biên soạn và ban hành bộ "Nhất thống địa dư chí" gồm 10 quyển.

Năm ất Hợi (1815) bộ "Quốc triều hình luật" gồm 22 quyển với 398 điều luật đã được ban hành.

Công cuộc khai hoang vùng đồng bằng sông Cửu Long được tiếp tục. Nhà nước đã bỏ tiền đào kênh thoát nước Thụy Hà và sông Vĩnh Tế tạo thuận lợi cho việc khẩn hoang. Những công trình lớn như sông Vĩnh Tế huy động sức người, sức của cả dânViệt và Chân Lạp dọc hai bờ có sông chạy qua. Việc trị thủy vùng đồng bằng Bắc Bộ cũng được Gia Long chú ý ngay từ đầu. Năm Giáp Tý (1804), trên đường ra Bắc làm lễ thụ phong của nhà Thanh, Gia Long cũng nêu vấn đề đắp đê để sĩ phu Bắc Hà bàn luận. Mặc dù chưa nhất trí, nhà vua vẫn quyết định đắp đê. Thời Gia Long khối lượng đê, kè, cống được đắp nhiều nhất so với các triều trước.

Đối ngoại, triều Nguyễn một mặt tranh thủ sự ủng hộ và giữ lễ thần phục nhà Thanh, mặc khác lại tạo quan hệ đàn anh đối với Chân Lạp và Ai Lao. Đối với các nước phương Tây, từ chỗ dựa vào lực lượng của họ để giành thắng lợi chuyển sang lạnh nhạt. Năm Quí Hợi (1803), nước Anh xin mở cửa hàng buôn bán ở Trà Sơn (Quảng Nam) bị nhà vua từ chối. Sĩ quan Pháp đã từng giúp vua được trọng đãi, chầu không phải lạy... Còn yêu sách khác của chính phủ Pháp đều bị khước từ. Năm Đinh Sửu (1817) tàu buôn Pháp tên là "La paix" (hòa bình) chở hàng sang bán nhưng là hàng không hợp thị hiếu người Việt Nam, phải trở về, miễn thuế. Đến khi tàu Cybèle vào Đà Nẵng đưa thư Hoàng đế (1787) (Bá Đa Lộc thay mặt Nguyễn ánh, có khoản Nguyễn ánh nhường cho Pháp cửa biển Đà Nẵng và đảo Côn Lôn). Gia Long kiên quyết bác bỏ viện lý rằng: Điều ước tuy đã ký nhưng thuở đó phía Pháp không thực hiện thì nay không buôn phương Tây song cũng không mời chào, khuyến khích hoặc có một chính sách tỏ ra chủ động, tích cực hơn.