Sinh ngày 28 - 04 -1936 tại Vị Xuyên, huyện Mỹ Lộc , Nam Định
Tốt nghiệp trường Đại học nhân dân Việt Nam - 1955. Đoàn viên Đoàn Thanh Niên Xung phong - Đội 56.
Từ 1957-1990 : Công tác tại các trường Phổ thông và Sư phạm (Nam Hà), và trường Cao đẳng sư phạm (TP. Hồ Chí Minh)
Từ 1991 : Công tác viên Viện K.H.X.H tại TP. Hồ Chí Minh - Giáo sư Nghiên cứu VH Cổ VN&ĐNÁ - T.P. HCM/ thuộc Viện Khoa Học Xã hội TPHCM và là Trưởng tiểu ban nghiên cứu T.T.N.C Hán Nôm.
6/99 đã cho phổ biến tập văn bản "Chỉnh đốn để tồn tại và phát triển" dày 34 trang chất vấn nhiều vấn đề với lãnh đạo Đảng CSVN như các sai trái pháp luật, tham nhũng trong hàng ngũ đảng
Sau đó tiếp tục cùng Gs. Nguyễn Thị Thanh Xuân viết "Đối thoại 2000" rồi "Đối thoại 2001" phổ biến cho bạn bè thân hữu và cả lãnh đạo đảng. Các bài đã được trích đăng phổ biến bởi báo chui "Đối Thoại" và nhóm Nối Kết trong nước.
Ngày 2 tháng 9 năm 2001, ông ra Hà Nội cùng với ông Phạm Quế Dương viết Đơn xin thành lập "Hội Nhân Dân Việt Nam ủng Hộ Đảng và Nhà nước Chống Tham Nhũng" (Gọi tắt là Hội Nhân Dân VIệt Nam Chống Tham Nhũng). Sau đó ông bị nhà cầm quyền CSVN trù dập trục xuất khỏi Hà Nội. Ngày 5-9-2001 nhà cầm quyền CSVN tiến hành bố ráp bắt bớ hàng loạt những người liên hệ đến vụ lập hội chống tham nhũng
Ngày 7-9-2001 phó Tổng Lãnh Sự Hoa Kỳ đến thăm tiếp xúc ông tại nhà riêng hỏi thăm tìm hiểu việc ông xin lập hội chống tham nhũng. Vì thế, ngày 9-10-2001 công an căn cứ NĐ 31/CP ra lệnh quản thúc ông 2 năm tại gia ở Sài gòn. Ông phản đối và không chấp hành NĐ quái gỡ này
Ngày 2/8/2002 cùng 20 người trong nhóm dân chủ cùng ký tên trong một thư gửi QH khóa XI CSVN nêu lên 4 sự việc vi hiến của đảng và nhà nước CSVN. Nhóm dân chủ cũng đã cử ông P.Q.Dương cùng ông Trần Khuê là người đại diện phát ngôn chính thức của nhóm
Từ tháng 10 năm 2001, ông cùng với một số người khác như Nguyễn Thanh Giang, Lê Chí Quang, Nguyễn Vũ Bình, Phạm Quế Dương... đã không ngừng phản đối việc đảng và nhà nước CSVN nhượng đất và biển cho Trung Quốc qua các hiệp định được ký kết vào ngày 30/12/1999 và 25/12/2000. Chính những lời tố cáo này đã làm sục sôi phẫn nộ người dân trong và ngoài nước, gây nhiều khó khăn cho chế độ.
Ngày 29/12/2002, ông đã bị công an vào lục soát nhà và bắt đi. Hôm trước, ngày 28/12/2002, công an đã bắt ông Phạm Quế Dương khi ông và gia đình cùng một số bạn hữu ra ga Sài Gòn để lấy xe lửa trở về Hà Nội sau vài ngày thăm viếng bằng hữu ở Sài Gòn, trong đó có ông Trần Khuê.
Ông Trần Khuê đã được tổ chức Human Rights Watch trao giải thưởng Hellman/Hammett vào tháng 6 năm 2002 cùng với 4 người khác là HT Thích Quảng Độ, BS Bguyễn Đan Quế, nhà báo Nguyễn Vũ Bình và Luật Sư Lê Chí Quang.