Năm 1978 bị Nhà nước loại khỏi Đại chủng viện cùng với 17 anh em khác, phần lớn là lớp lớn (18 trên tổng số 45 đại chủng sinh). Về lại gia đình tại giáo xứ chính tòa Phủ Cam. Tháng 5/1981, được Đức TGM Nguyễn Văn Thuận (lúc đó đang bị quản thúc tại giáo xứ Giang Xá, địa phận Sơn Tây) truyền chức linh mục chui.

Ngày 21/9, lễ thánh Tôma Thiện, "thầy" Lợi cùng với một số đại chủng sinh (tại gia) thuộc giáo xứ Phủ Cam diễn một vở kịch nhỏ, gọi là góp vui, trong buổi họp mặt phụ huynh chủng sinh giáo xứ nhân ngày bổn mạng chủng sinh. Vở kịch 5 phút này, mang tên "Dâng con cho Mẹ", có đem vào chi tiết đã xảy ra với cha Nguyễn Văn Lý trên đường đi La Vang tháng 8/81. Hậu quả là "thầy" Lợi bị tù 4 năm (4 anh em khác cũng bị tù từ 2 năm đến 3 năm rưỡi).

Ở tù gần hết 4 năm, thầy Lợi bị phát giác là linh mục "không có phép Nhà nước" nên ở tù thêm 3 năm nữa. Tháng 10/1988 được thả về, ở nhà cha mẹ (tại giáo xứ Phủ Cam).

Tháng 4/1998, linh mục Lợi bị Công an gọi đi làm việc vì "đã phát tán báo Tin Nhà". Không có bằng chứng và nhân chứng, Nhà nước đã quay sang quy tội linh mục là làm tài liệu giáo lý mà không xin phép. Linh mục bị tịch thu toàn bộ máy computer, printer. Nhưng Lm Lợi vẫn tiếp tục làm tài liệu giáo lý, và luôn hỗ trợ cha Lý và cha Giải trong công cuộc đấu tranh cho tự do tôn giáo.