Hòa Thượng Thích Huyền Quang sinh ngày 19/9/1919, tại huyện An Nhơn tỉnh Bình Định. Năm 1932, lúc 13 tuổi, Ngài xuất gia và trở thành một tu sĩ Phật giáo. Từ năm 13 đến năm 19 tuổi Ngài theo học Phật học với Hòa thượng Chí Tâm, Hòa thượng Bích Liên, các Sư huynh Huyền Chiếu, Bảo Phong và cư sĩ Thám Mai. Đến năm 1939, Ngài được đưa vào học tại Phật học đường Lưỡng Xuyên, tỉnh Trà Vinh thuộc miền Nam Việt Nam. Sau đó Ngài được ra học và tốt nghiệp tại trường Đại học Phật giáo Báo Quốc, Huế.

Sau khi hoàn tất chương trình Đại học Phật giáo, vào năm 1945, với tuổi 26, Ngài đã tham gia phát động và lãnh đạo phong trào Phật giáo cứu quốc chống Pháp tại Bình Định và Liên khu 5 (các tỉnh Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định và Phú Yên). Suốt thời gian từ năm 1945 đến 1952, vừa chống Pháp và chống Việt Minh, xây dựng ý thức dân tộc trong quần chúng. Ngài bị Việt Minh bắt giam vào năm 1952. Việt Minh nhốt và di chuyển Ngài đến các cứ điểm khác nhau, trong đó có quận Phù Mỹ, quận Hoài Ân trong tỉnh Bình Định và tỉnh Quảng Ngãi. Hiệp định Genève ký kết vào năm 1954, Pháp rút khỏi Việt Nam, đất nước chia đôi và cộng sản rút về Bắc, Ngài được thả vào ngày 1 tháng 10 năm 1954.

Sau khi ra tù, Ngài được cung thỉnh làm Giám đốc Tăng Học Đường Trung Phần tại Nha Trang cho những năm 1955-1957, và trong thời gian này Ngài được mời làm Tổng Thư Ký Phật Học Viện Hải Đức Nha Trang. Năm 1958 Ngài giữ chức Phó Hội trưởng Hội Phật Giáo Trung Phần kiêm Hội trưởng Phật Giáo Tỉnh Thừa Thiên.

Năm 1962, Ngài trở về lại Bình Định, hoạt động tại tỉnh nhà, giữ chức vụ Hội trưởng Phật giáo tỉnh Bình Định, cũng trong thời gian này, Ngài và chư Tăng trong tỉnh thành lập cơ sở đào tạo Tăng Ni cho bản tỉnh và các tỉnh lân cận. Phật Học Viện Nguyên Thiều được thành lập và Ngài được cung thỉnh làm Giám Viện. Cũng từ năm 1962 này, Ngài dẫn đầu phong trào đòi tự do tính ngưỡng, chống kỳ thị tôn giáo dưới thời Ngô Đình Diệm tại Bình Định rồi sau đó vào Sài gòn hoạt động và làm Thư ký Ủy Ban Liên Lạc Bảo Vệ Phật Giáo. Ngài bị bắt và giam vào ngày 20.8.1963 tại Sài Gòn và được thả ra sau ngày đảo chánh 1.11.1963. Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất được thành lập vào năm 1964, Ngài giữ chức Tổng thư ký Viện Hóa Đạo liên tục năm nhiệm kỳ cho đến năm 1974.

Tháng Tư năm 1975, Cộng Sản Bắc Việt cưỡng chiếm miền Nam làm thay đổi tất cả đất nước, Viện Hóa Đạo bị ảnh hưởng. Tháng 3 năm 1977, Ngài gửi một lá thư phản đối đến Thủ tướng CSVN Phạm Văn Đồng, về trường hợp Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất bị đàn áp. Vì thế Ngài cùng với 5 vị lãnh đạo tinh thần khác bị bắt, với tội danh chống đối chính sách của chế độ hiện thời. Bị đem ra xét xử vào ngày 8 tháng 12 năm 1978, Ngài bị kết án treo 2 năm với tội "khích động chống lại nghĩa vụ quân sự và những bổn phận xã hội khác". Sau đó vì Ngài vẫn liên tục chống lại kế hoạch đồng hóa Giáo Hội theo chính sách của nhà cầm quyền Cộng Sản Việt Nam, Ngài bị bắt trong vòng 24 tiếng đồng hồ vào tháng 10 năm 1981. Ngày 25 tháng 2 năm 1982, Ngài bị bắt lần thứ ba và sau đó bị quản thúc tại chùa Hội Phước, tỉnh Quảng Ngãi.

Trong cùng thời gian, Ngài được dư luận quốc tế biết đến khi hai nhân vật đã từng nhận giải Nobel Hòa Bình, Mairead Corrigan và Betty Williams, đề nghị Ngài làm ứng viên giải Nobel Hòa Bình năm 1976 . Từ năm 1992, từ nơi quản thúc, Ngài đã gửi đi hàng loạt văn thư phê phán chế độ Cộng Sản Việt Nam và cái gọi là chính sách "Đổi Mới", khiến Ngài càng gặp nhiều khó khăn với chế độ.

Những lá thư này nêu rõ vị trí của Phật Giáo trong nền văn hóa Việt Nam, Giáo Hội được công nhận một cách hợp pháp, chính danh đối với các chùa chiền tại Việt Nam, và phủ nhận chủ nghĩa Cộng Sản. Ngài có quyền lên tiếng như thế vì trước khi qua đời, Hòa Thượng Thích Đôn Hậu đã chọn Hòa thượng Thích Huyền Quang là người kế vị lãnh đạo Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất, và Ngài đã lãnh trách vụ này trong buổi lễ an táng Hòa Thượng Thích Đôn Hậu vào tháng 4 năm 1992.

Ngày 29 tháng 12 năm 1994, lực lượng công an đến chùa Hội Phước, cưỡng đoạt tất cả văn thư và ấn tín của Giáo Hội, đưa Hòa Thượng Thích Huyền Quang đến địa điểm giam giữ mới, hoàn toàn cô lập với bên ngoài. Trong điều kiện tuổi tác cao cộng thêm bịnh cao áp huyết, việc trả tự do và chăm sóc sức khỏe cho Ngài là một yêu cầu vô cùng cấp bách.

Tháng 6 năm 2001, Hòa Thượng Thích Quảng Độ dự trù tổ chức một phái đoàn ra Quảng Ngãi đón Ngài về Sài Gòn để chăm sóc và trị bệnh, nhưng nhà cầm quyền CSVN đã ngăn cản và cô lập Hòa Thượng Thích Quảng Độ tại Thanh Minh Thiền Viện. Do đó Ngài vẫn bị cô lập tại chùa Hội Phước tỉnh Quảng Ngãi.

Tháng 3 năm 2003, Hòa hượng bị mục u trên mặt cần phải được giải phẫu. Ngài muốn được đưa vào điều trị ở Sài Gòn nhưng nhà cầm quyền Hà Nội không cho và đưa Ngài ra Hà Nội chữa trị. Trong thời gian dưỡng bệnh tại Hà Nội, Đại Lão Hòa Thượng đã gặp nhiều chính giới Âu Mỹ, tiếp xúc với Phạm Thế Duyệt (Chủ Tịch Mặt Trận Tổ Quốc), thủ tướng CSVN Phan Văn Khải và nhiều đại diện Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam (quốc doanh). Sau đó Ngài đã vào thăm các chùa ở Huế, vào Sài Gòn tiếp xúc với Hòa Thượng Thích Quảng Độ tại Thanh Minh Thiền Viện. Đây là một bước ngoặt của Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất, chắc chắn là một sự đấu trí giữa các nhà lãnh đạo của Giáo Hội trong công cuộc đấu tranh cho quyền tự do tôn giáo nói chung và quyền phục hoạt của Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam Thống Nhất nói riêng trong những ngày tháng tới.

Tuy bị tù đày, gánh vác công việc giáo hội dưới thời cộng sản, nhưng Hòa Thượng Thích Huyền Quang đã dịch và sáng tác nhiều tác phẩm có giá trị như : Thiền Môn Chánh Độ - Sư tăng và Thế nhơn ; Nghi cúng chư Tổ và Chư vị Cao Tăng cận đại tân viên tịch ; Đạo Tràng Công Văn Tân Soạn ; Thiếu Thất Lục Môn ; Phật Pháp Hàm Thụ. Phần lớn những tác phẩm và dịch phẩm này chưa được xuất bản và môt số khác bị mất trong năm 1982 khi bất ngờ công an thành phố Sài Gòn kêu lên bắt giam và đưa ra Ngài ra Quảng Ngãi mà không được mang theo một vật gì, ngay cả đồ dùng cá nhân.

Hiện nay Hòa Thượng Thích Huyền Quang đã được đưa về chùa Nguyên Thiều ở Bình Ðịnh, sau thời gian dài bị quản thúc tại chùa Quang Phước ở Quảng Ngãi (1982-1994) chùa Hội Phước ở Quảng Ngãi (1994-20003).